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Bayesian inference of gene flow between sister lineages using genomic data
本文开发了一种贝叶斯理论，以克服检测姊妹谱系间基因流时面临的非标准统计挑战，并通过模拟和实证数据证明，该方法在推断渗入方面具有高统计效能和低假阳性率。
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350 篇论文
进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。
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下方为您呈现近期在进化生物学领域发布的最新研究论文。
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Phylogeny and gene function integration uncovers multiple convergences in multicellular and terrestrial transitions
通过将系统发育基因组学与 508 个物种的泛函注释相结合，本研究揭示了向多细胞性和陆生生活的重大进化转变，其特征在于语义相似的生物学功能呈现出广泛的趋同富集，且这种富集通常是通过独立的基因家族扩张以及对古老正交基因的征用共同实现的。
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Ancient persistence and newfound diversity of CR1-group retrotransposons across chordates
本研究利用长读长测序技术，提供了首次全面的脊索动物门内 CR1 族群反转录转座子的分析，揭示了其古老的起源、前所未有的多样性、新颖的元件以及频繁的水平转移事件，从而重塑了我们对其进化历史的理解。
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Gene-Culture Coevolution Favours the Emergence of Traditions in Mate Choice through Conformist Social Learning
本研究表明，择偶过程中的基因-文化协同进化使得通过简单的社会学习策略即可产生持久的文化传统，从而挑战了长期以来认为复杂的从众传递对于传统形成是严格必要的这一假设。
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A Statistical Framework to Infer the Mutation Model of Tandem Repeat Variants
该论文介绍了 TRAMA，这是一个利用祖先重组图谱来准确估算突变率，并在阶梯式与两阶段突变模型之间进行选择以处理串联重复变异的计算框架。
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Inference of germinal center evolutionary dynamics via simulation-based deep learning
本文通过分析来自重复生发中心实验的数据，利用深度学习和基于模拟的推理方法，旨在确定被称为“亲和力-适应度响应函数”的、B细胞亲和力与繁殖力之间未知的关系。
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Deciphering chromosome fusion in D. miranda's neo-sex chromosome through single-copy and repetitive oligo probes
本研究整合了 OligoMiner 和 OligoY 流程，用于设计并验证新型单拷贝及重复序列寡核苷酸探针库，从而实现对米兰达果蝇（*D_rosophila miranda*）新性染色体的全面荧光原位杂交染色，在揭示易位和倒位等复杂进化机制的同时，为研究不同基因组区域的染色体动态提供了一种强大的工具。
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Deconvolving Phylogenetic Distance Mixtures
本文引入了系统发育距离解卷积（Phylogenetic Distance Deconvolution, PDD）问题以及 DecoDiPhy 算法，该算法通过一种将读取序列整合到参考系统发育树上的多重比对方法，同时解决进化依赖性和数据噪声问题，从而提升了宏基因组混合物分析的准确性。
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FastSpeciesTree: Fast and Scalable Species tree Inference
FastSpeciesTree 是一款全自动、单命令工具，能够从基因组数据中快速且准确地推断大规模物种树，在保持与人工校正相当的高准确度的同时，其速度优于现有方法。
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Successful strategies in the voluntarily repeated Prisoner's Dilemma
本文表明，在以频繁策略引入、行为误差和退出选项为特征的重复囚徒困境环境中，通过通过退出机制来制裁背叛者的伙伴切换策略，而非通过像“以牙还牙”这样的经典报复策略，能够使合作水平维持在更高水平。